三月二十九,张名振、张煌言率水师六百余艘战船再入长江,顺风溯流,京口（镇江境内）,直抵仪真,仪真城外江焚毁满清盐船数百艘。消息传江宁，清江南督马柱急忙调兵遣将,深入长江明朝海师进拦击。张名振等仪真停留间很短返航东,撤回崇明带沙屿稗沙、平洋等处,此次入江二入长江役。
五月十八,张名振因兵员、饷银足,难支撑其部继续抗清，遂由张煌言统兵舟山，其亲南浙江温州买米七船,福建厦门见郑功,求郑氏提供兵员、火药、器械等物资供张部坚持斗争。正与满清福建局“谈”郑功加谈判筹码，答应张名振请求，派忠靖伯陈辉统水兵五千、陆兵万、船近百艘北支援。
郑功支持让张名振认虚此,回舟北返。九月初六,张名振部进抵海县城,清朝海知县吓瘫痪,城百姓喧传张军乃“王者师”,纷纷响应，或击杀清军兵卒，或恐吓清朝官员，或围攻衙门。间，海明军收复危险。清江宁巡抚周佐接松江府急报，立即火速领兵援，屠城相威胁海百姓,才稳定海局势。法海百姓内应张名振被迫率部撤返。
海退兵，张名振张煌言合计认再率军进入长江，次再仅入江口，直入江宁，打击清廷江南统治，瓦解。十二月。二张等率军乘船四百余艘溯江,十八由三江营驶焦山,直抵南京郊外燕矶。
突南京城外江明军水师战船吓城清朝官员惊呼“咫尺江宁,势甚披猖”。满清两江督马柱、提督管效忠防明军围困江宁，摇清廷东南半壁江山，亲指挥驻守南京满、汉兵丁城截杀明军。
随鲁王兴军抗清。论张名振张煌言精水战弱步战，尤其二麾兵马陆战实力更远远弱清军。骑军佐应，因此虽凭水师利震南京，实力远强清军打击，二张法江持久，更法岸立足。
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鉴法陆击败清军，受制粮草补给，张名振、张煌言南京城外江仅停留数便再次率舟师缓缓东退长江。虽次攻入长江两次清军造定杀伤，更攻府夺县。清廷震却极，使沿海抗清力量江南士绅认识明军水师清廷威胁重。
实张名振张煌言筹划三入长江役真实目除试探清军江南防卫力量，联络长江两岸反清复明士，另外呼应正攻打广东李定湖南清军僵持孙望，图达联络东西，师长江，恢复江南北宏伟计划。
次进入长江，张名振便派密原弘光朝礼部尚书钱谦益、鲁监封仁武伯姚志卓、鲁监政权察院左御史加督师士衔李椿，除将鲁监治抗清局加告外，另外请求够提供定钱粮支持。随二入长江三入长江。张煌言更服张名振，亲化装游方士秘密见原南明兵部侍郎张仲符、明宗室朱周、原兵部职方司主贺王盛、员睦本等批复明志士。
钱谦益首原明朝部分士绅直清统治区内秘密复明活,西南永历朝廷东南海水师间搭桥主策划钱谦益姚志卓。张煌言更知永历朝廷士文安直钱谦益书信往，姚志卓更亲贵州带回永历朝廷秦王孙望批文书。正因钱谦虚益姚志卓支持。张名振张煌言才够畅通阻三入长江全身。
钱谦益筹划联络东西、师长江方案，张煌言打内深处极力赞，早永历三（伪清顺治六），钱谦益给门任历朝廷留守桂林士瞿式耜密信提兴基业，关键顺江夺取江南，将南控制。
二入长江张煌言秘密见钱谦益，钱便将兵比弈棋,张煌言:“局弈棋,楸枰技,喻。今全,,急,善弈者视势急善救。今急,即;今,即全。夫害必争,数四,原根本江南.长、淮、汴京,莫非,则宣移楚南诸勋重兵全力恢荆、襄,扼汉沔,撼武昌,江南吾指顾间。江南既定,财赋渐充,根本已固,移荆、汴锋扫清河朔.高皇帝定鼎金陵,兵北指,庚申帝遁归漠北,此已效。”
:“王师亟先北洞庭,别反顾支缀.入长江,将处处必响集,……完固根本,养精蓄锐,恢楚恢江,克复京阙,既转,谋允臧。”
收复长江游重点战略方针,钱谦益称“楸枰三局”。
李定衡阳斩杀清敬谨亲王尼堪，败支由北京南满洲八旗精锐,钱谦益将“楸枰三局”实际遇。虽被李定重创支满八旗精锐其由贝勒屯齐统率,周铺战役击败南明秦王孙望军队,清军伤亡相,士气高急回京休整，此清军湖广江防兵力非常单薄,钱谦益、姚志卓认明军应握机,即孙望张名振等提实施长江战役计划。
接钱谦益秘信。张名振、张煌言率部全力赴始攻入长江,并且持续三次攻入长江，结果却因湖南战变化。孙望犹豫错失次东西合进夺取江南机。
入长江，二入长江。三入长江，每次入江代表收复江南良机，每良机却被浪费，令张煌言十分惆怅，十分苦恼，却怨，恨兵马实力足，难重创江南清军，进吸引或牵制湖南清军，使秦王孙望够腾沿江东进。
听舟山被清军再次袭击消息，张煌言便坐针毡，刻愿厦门停留，待郑功派甘辉、陈六海，便马跟舟返回舟山。
虽船早已舟山军民结局猜，真正眼，张煌言仍难制。握紧双拳，青筋突，盯黑烟燃舟山城十数秒，忽掩泣。
张煌言失声痛哭令左右随戚戚片，船甘辉陈六悲，十分受。
哭片刻，张煌言止住泣声，袖拭脸，稍正绪问岛迎校官：“候爷哪？”口候爷指被鲁王监册封定西候张名振。
校官闻言，戚色，苦：“候爷城。”
“城？”
张煌言刚口问张名振部署舟山防御倒满尸体城做甚，却突哑口语。再身，却颤抖厉害。
张煌言突颤抖令刚甘辉陈六怔，疑惑便询问，却见张煌言猛振，步便向城奔。
“张侍郎？！”
甘辉陈六识便叫声，张煌言却若未闻，匆匆向城奔。
见状，甘辉陈六，忙快步跟。张煌言此举太离奇，二探究竟。
路奔，沿途处正收尸张部军士。尸体老少，男，凡尸，问龄，尽赤.裸，尸.体更插满棍棒，目惊恐，身鲜血遍流，令忍视。
军士监军失神般向城跑，均放伙计解。
因跑急，路张煌言接连摔两跤，扶，便怕顾揉揉痛处跌跌撞撞向跑。
离城门远，张煌言放声喊：“候爷，候爷！”
城门处百军士正骡马将堆尸体往外抬，听张煌言叫喊，众军士停，反城突哀嚎声“阿母”突全部跪。
声“阿母”传，张煌言遭电击般停脚步，呆呆城门。
城门处，众军士注视，身缟素定西候张名振抱母亲尸体颤颤悠悠走，张煌言刹间，再法压制内痛哭，“扑通”声抱母亲尸首跪倒，仰号：“阿母，阿母，阿母！
三声，满城哀哭。