贵县木梓墟本处商镇，位武思江游，广西浔州府、广东廉州府交界处。两省交界方，官府统治往往比较薄弱。黑旗军选择木梓墟驻营休整，先并未引官府注。
广西其商镇，木梓墟商业由垄断。贵县墟区土械斗，木梓墟虽远离墟，惶惶。
冯钦率领黑旗军木梓墟，外宣称械斗战败，受欢迎。官府正忙镇压太平军，派少量团练往木梓墟，监视冯钦部黑旗军。
冯钦麾千八百名黑旗军、四千名新兵，容迫训练新兵、编练部队。
杨烜、罗纲、石达三部马携抵达木梓墟，与冯钦回。此黑旗军马已经接近万五千，杨烜立马始刀阔斧整编部队。
其点：
、扩编制。
黑旗军由陆师、水师组，均师级单位。
陆师马万千，编步兵团、步兵二团、步兵三团、步兵四团，另设炮兵营、骑兵营、侦察营、工兵营、辎重营、警卫连、通信连等直属部队。
陆师、水师首长称司令，冯钦司令，陈虹参谋长。陈虹原黑旗军二营长，三营长力强，战功。
步兵团陆师主力部队，单独执任务。步兵团团长杨田，二团团长杨瑞，三团团长张运贤，四团团长石达。
致，、二、三团由原先步兵营、二营、三营扩编。二营长陈虹升任陆师参谋长，二团团长改由侦察科长毛杰担任。四团则新立部队，由石达担任团长。
水师罗纲司令，陆雨晨参谋长。
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水师设三支队：支队主水战，支队长张墨；二支队主登陆战，支队长陆顺德；三支队主水运输，支队长黄涛。
二支队原支队长苏三娘改负责管理黑旗军眷，支队长职由陆顺德继任。陆顺德追随罗纲，罗纲腹爱将。
二、完善指挥系统。
司令部制度黑旗军独创，黑旗军战斗力提升重保证。
华夏传统，部队通常设置营务处、粮台。黑旗军司令部参谋处、勤处便类似营务处、粮台，相参谋机关、勤机关，负责指挥打仗，负责勤补给。
保证军队领导权集统，杨烜参谋机关、勤机关外，增设军政机关，称军政处。军政处主担负宣传、教育、监察、、奖惩、防奸、保密等职。
黑旗军师、团两级设立司令部，辖参谋处、军政处、勤处三机关。陆师、水师，设立司令部，设参谋部、军政部、勤部三机关。
司令部黑旗军高领导机关，首长称司令。毋庸置疑，杨烜司令，薛昊仍副司令。陆师司令冯钦兼任参谋部部长，杨烜兼任军政部部长，薛昊兼任勤部部长。
参谋部堪称司令部核部门，设战处、侦察处、测绘处、火力处、通信处、机处等属部门。
军政部排序参谋部，设处、敌工处、纪检处、保卫处等部门。敌工处顾名思义，主管敌工，包括处置俘虏、策反敌、报获取等。
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军政部敌工处与参谋部侦察处工职存重叠，杨烜。搞报工，权力容易失控，进反噬母体，故需分权。
另外，报工极其重，惹疏忽，关乎战局败。设置侦察处、敌工处，形某程度竞争、查漏补缺，完善报工。
体，参谋部侦察处主侧重军侦察，尤其重视交战线侦察。军政部敌工处主负责策反敌、处置战俘、防范间谍、肃清内奸等工。
职权讲，敌工处权力明显侦察处。
勤处除负责保障军饷、粮草、弹药，负责打造军械、铸造火炮、制火药、修理战船等工。相比参谋处、军政处，勤处员更庞杂，工更具体。
除参谋、军政、勤三机关，司令部设很直属单位，比较重办公厅、近卫营、军法处、宪兵队、讲武堂、教导队等。
办公厅司令部协调机关，司令负责。凡召集、确定司令程等工，由办公厅承办。
近卫营编制五百，负责保卫司令部，位置极紧，首任营长杨烜亲信徐新。
军法处负责制订军条例、审判重军案件等工。
宪兵队负责维持军纪，执军法处裁决。
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讲武堂负责研究军理论，培训正营级军官，相黑旗军军校，侧重战略教。杨烜亲负责讲武堂工。
教导队专门负责轮训副营级军官，侧重战术教。
师、团级司令部，参照司令部设置，机构、员更精简。
三、实官兵平等。
官兵平等包括政治、经济平等，军官爱护士兵、士兵尊重军官，团结互助，甘共苦，增强军队凝聚力。
鉴黑旗军队伍壮，饷银耗费，杨烜决定进步压缩津贴。普通士兵津贴变，仍每月两银。班长骨干，津贴原基础减少。杨烜司令，饷银高，二两银。
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，士兵高统帅，津贴变化，官兵经济趋平等。士兵津贴两银，与普通绿营兵相。
黑旗军伙食、衣服等费由公费支，官兵眷由勤部统供养。官兵津贴纯收入，实际收入比绿营士兵略高。
除津贴，黑旗军军官衣、食、住、与士兵保持致。士兵吃什，军官吃什。军宿营，军官与士兵挤通铺。乘轿，吸食鸦片。
黑旗军官兵政治平等。军官打骂体罚士兵，级军官级军官亦打骂体罚。官兵犯错误，主通两途径制裁：
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节严重，军法论处。犯错，治罪，由军法处独立裁判；节较轻，批评教育。级徇私包庇级，级亦及诬告级，凡军法准绳。
士兵功，提拔士官，士官逐级晋升士官长。士官长辅助连长、营长管理部队，基层部队容忽视影响力。
特别优秀士兵，破格提拔军官。譬李秀侄李世贤，才加入黑旗军久，却因表优异，被提拔排长。
士兵提升军官，通常离原连队，其营连任职。李世贤原近卫连战士，超拔排长，步兵团任职。
四、扬军民主。
华夏传统军队，通常由主帅独断专。提高工效率，却利集思广益。主帅旦犯错，轻则损兵折将，重则危及战局。此外，主帅专断，容易持兵权，尾掉。
清朝控兵权，通常由枢简派钦差臣，各省抽调军队，交由钦差臣临指挥。皇帝通军机处，遥控战局。
指挥体制已经完全落伍，早次鸦片战争便暴露数弊端。太平军兴，清廷思进取，仍沿落指挥体制。
杨烜创造司令部制度，完善指挥体制。部队层，则充分扬军民主，提高部队凝聚力。
营、连级立军委员，通常由副营长、副连长担任委员主任，士官长担任副主任。军委员定期召议，部队管理、伙食、战术等问题展讨论。讨论结果具执力，供营长、连长参考。
司令部，师、团司令部立执委员，简称执委，由司令、师司令、陆师团长、水师支队长担任执委员主任。副司令、副团长、副支队长执委员副主任，参谋机关、军政机关、勤机关负责委员。
果司令部部队领导机关，执委则相司令部领导机关。凡部队重项，由执委讨论决定，交由主任签。况紧急，由主任临专断。
营、连级参照设立执委员，由军官、士官长组。
设立执委员、军委员，制度层保证军主。
五、黑旗军履职。
除军打仗，组织政府、平均权、矿设厂、办校、宣传教育等。
譬，黑旗军攻占南宁，组织军政府。提高效率，政府应由军队接管，采取军政府形式。
实“均田免赋”，主土平分给农民。统计口，测量土，设计分方案。工，由军队承担。
再譬，办校，招募许合格教师，组织教培训，军选拔教骨干，民间遴选优秀知识分，民间知识分培养合格教师。