王朝更迭际，散处各宣教士，由环境，政局变各反应。利艾儒略、阳玛诺，福建延平艰苦著书、传教；南京毕方济则充明福王使臣，往澳门向葡萄牙搬救兵，毕方济直活跃南明各政权；利思类、安文思，则西皇帝张献忠“师”。
汤若望龙华民留北京宣武门教堂内，本清军令内城居民律限三搬，便让八旗兵民居住。汤若望奏清廷，请求准许留住城内。乎料奏折递二摄政王尔衮批复，准许安居主堂，许各旗兵弁滋扰。久，汤若望被召入朝，尔衮询问重修历法，任命钦监监正。顺治二（1645）启新历，颁。因治历功，次汤若望被加太常寺少卿衔，并获赐宣武门内主堂侧空块，由孝庄文皇太率亲王官绅资，重建教堂。
顺治亲政，与汤若望关系甚密，赐号“通玄教师”，教堂书匾“通玄佳境”，并亲撰《御制主堂碑记》，褒奖汤若望治历功，赞扬其信仰。表示尊敬，顺治帝称汤若望“玛法”，满语长辈尊称。准每随入朝，凡启奏，径直进入内廷，循常例。汤若望每次苦劝顺治信教，结果。
顺治间（1644—1661）主教华宣教取巨果效，据1664统计，耶稣已直隶（今河北）、山东、山西、陕西、河南、四川、湖广（今湖南、湖北）、江西、福建、浙江、江南（今江苏）11省传教建堂，共教徒114200。
、 历法争
1662，顺治世，仅8岁玄烨即位，号康熙。政务由索尼、遏必隆、苏克萨哈、鳌拜4辅政臣掌管。其鳌拜专权，扶植亲信，打击异，飞扬跋扈，世。早顺治末，官杨光先曾书，指责汤若望等造历谬误，未理睬。准鳌拜被喜欢宣教士，再次难，更加激烈汤若望等西方宣教士进全攻击，指责《宪历》敢“依西洋新法”五字，暗窃正朔尊西洋，“明示清奉西洋正朔”。另外，汤若望将清历书编至二百，思清王朝短命亡。杨光先攻击宣教士图谋颠覆清朝，修历名，阴邪教，窥探朝廷机密，屯兵澳门，接渡海往。因此求将汤若望等正法。番蛊惑、耸听闻煽，果引清廷疑虑，社儒、佛等仇视主教群附。，1664辅政臣令逮捕汤若望，汤若望已73岁高龄，患风，四肢瘫痪，口齿清，受审由其助南怀仁代申辩。冤狱兴，南怀仁、利类思、安文思及各省宣教士纷纷被捕。秋、冬，吏部、礼部进调查审讯，清廷派广东查核，并未查实。结果仍杨光先胜诉，将汤若望判处凌迟，其分别斩首流徒。恰逢北京强烈震，京师恐慌，狱讼公，象示警。康熙帝祖母孝庄文太皇太干预，辅政臣将汤若望案件奏请太皇太定夺，太皇太阅奏悦，将奏折扔。斥责辅政臣，令释放。宣教士幸免难，支持新历5名官员（均主教徒）仍被处决，信教官员被革职。
恶排斥西法杨光先虽取胜利，接任钦监正，实，因历算知识甚限，监内工片混乱，屡次错测节气，错报月食间。《统历》、《回回历》历法，须根本改订。杨光先知力难胜任，再三求辞职，未获准许。
1668，14岁康熙帝与鳌拜矛盾益尖锐，历法敏感问题首先表。钦监错误已闹满城风雨，鳌拜仍极力回护。康熙召集杨光先、南怀仁讨论文历法。命士观象台，预推正午影止处，经3实测验，南怀仁推测误，杨光先等误差。康熙命南怀仁审查杨光先订历书，结果错误百。进步验证，康熙安排立春、雨水两节气及月亮、火星、木星运五项测验，令臣共观察，结果南怀仁言逐款皆符，杨光先逐款合。西洋历法实际测算准确性取胜利，杨光先被革职，喋喋休抗辩，被康熙斥骂顿，逐回原籍，途病死。1669康熙亲政，汤若望平反，亲撰祭文并参加葬礼。
历法争告终，南怀仁接任钦监正，此，许宣教士推荐北京，清廷供职。文历法，改造北京观象台，制文仪器；入宫廷，充皇教师，给康熙讲授数、文、物理知识；音乐、绘画、雕刻；造办处，指导工制鸣钟其它机械；协助清政府制全图，各省实测绘，准确完著名《皇舆全览图》。
随汤若望冤狱兴，全范围内展针宣教士搜捕，信徒宗教活亦被禁止。汤若望被平反，被捕二十余位宣教士仍被关押广东，各省仍禁止主教活。，京神父采取项胆，决辞历官职务。康熙知，便派舅佟纲慰留，并且告诉姑且忍耐等待，因朝尚许反教，骤弛禁教令恐妥。神父因知皇帝并仇教，便达致谅解。
直1670，康熙才颁布释宣教士谕，方准许广州25位教士各归本堂，方准添立教堂，准入教。虽诸限制，宣教工终归合法展。康熙帝南怀仁十分信任、友尊敬，且其宣教士十分友宽容，历次南巡，处，经常召见宣教士，询问活与工。1693，康熙患疟疾，太医久治愈，宣教士张诚送南洋带奎宁，服愈。表谢，康熙赐建堂，名“救世主堂”，即今北堂身。宣教工康熙朝40，取较进展。
二、 礼仪争
正华宣教业进展顺利，教内部却因礼仪问题争执，史称“礼仪争”。
《新主教百科全书》给“礼仪争”定义三方内容：士祀孔；二祭祖；三西文间关基督教帝语义语源争议，称“译名争”。“译名争”早耶稣士间。简单，文何正确选适词汇翻译神名。“”、“帝”，“主”。华几十传教士间法，展神讨论。至17世纪30代，“礼仪争”扩主教内部。关键问题仍：按主教教义，士夫民间流“祭孔祀”礼仪否属异端？教否已经皈依主教，并参加教堂活教徒祭祖习惯加容忍？
场争论欧洲逐渐涉及态度四方员：1、礼仪抗辩耶稣士，及由带领信徒；2、强烈反耶稣其修，包括明、方济各、奥古斯丁、巴黎外方传教；3、华各派传教士纠纷难判断，必须做裁决罗马教廷；4、因外教士教皇干涉务终致恼怒康熙皇帝。
场争论果极痛快，争论任何方未随件获什。相反，各修被皇帝逐境外，罗马教廷几乎丧失经历150艰辛辟教。西方文明兴趣，皇帝士夫及基督徒，失接触西方文明机。
“礼仪争”正式爆首先福建。由主持教耶稣士艾儒略全继承利玛窦传教路线，被教内外绅民誉“西孔”。文化采取十分明做法，包括允许教徒进祠堂、入孔庙。各信徒仍保持利玛窦期旧习惯。宽容做法引方济各反。1633，方济各士李安堂达福建宣教，耶稣神父居容忍教民奉异端感震惊，便联合明反耶稣做法。
明欧洲神权威，长期，主持教廷宗教裁判，裁判异端特别言权。明文化问题缺乏内观察，儒士夫朋友，且宣教重点南洋群岛，台湾、福建延伸部分，内宣教士。述影响双重：方文字传统缺乏解；另方福建区格外严重迷信活感触尤深。
宗教裁判明神很少，礼仪问题法基本欧洲形。欧洲文化认识，基本源《利玛窦札记》另本西班牙拉达写《菲律宾群岛征服·记明》解。者代表耶稣观点，赞儒礼仪。拉达奥古斯丁修士，福建，礼仪惊怪，描写固执见欧洲触目惊。明始礼仪争，焦点正集拉达初提偶像问题。坚持问：祭奠先，什三杯酒杯酒洒？什相信死，灵魂、牌位间？什见什神牌位跪拜？按基督教神观念，确实合教义。耶稣很难回答。
争论始局限远东进，福州、广州、马尼拉，耶稣表示合，马尼拉主教决定矛盾交罗马。1645，教廷宗教裁判神根据闽宣教明莫若翰辞，利西班牙士决定。份被认罗马教廷关“礼仪争”首号文件，耶稣极利，且妥协余。根据存西文献，它内马产很影响。显正处战争状态。
1654，耶稣士卫匡“礼仪争”专程赴罗马申辩，解释，祭祀社性礼节，宗教迷信。据此，教皇亚力山七世1656决定：果礼仪问题卫匡，信徒祭祀礼。“礼仪争”二号文件，它完全倾向耶稣。
1659，罗马传信部给三位巴黎外方传教士寻常指示：“试图服改变礼仪、风俗、思维方式，因并公反宗教良善德。比法、西班牙、利，或者任何其欧洲，口更傻吗？口欧洲，口信仰。信仰并任何族礼仪习俗相矛盾冲突。”
明白误语言代表十分明态度，本使礼仪争早早结束，使更西文化冲突避免。惜实并此。，已济南主教李安堂路杭州，卫匡将述见罗马教谕转达给，激怒。耶稣士汪儒望处获知几十耶稣内部礼仪问题争论内幕，龙华民留反礼仪文件。使李神父信增，派位方济各修士欧洲告状。
其间（1664—1670），北京闹历狱，部分宣教士被驱逐广州，23位神父（3位明士，1位方济各士，余皆耶稣士）广州耶稣院召传教史著名“广州议”，40议（166712月18—16681月26），近百传教活进全结，礼仪问题激烈争论焦点。表决形式通议案，礼仪问题继续持妥协态度。1656教皇亚力山七世决定执。
，签字明修士回欧洲，版《传统历史、政治与宗教》，继续判定礼仪异端，西方引极反响，虔诚信徒支持，使罗马次两难境。
此关键刻，批法巴黎外方传教教廷直属传信教士，其使礼仪争激化收拾法巴黎神博士阎主教。1693，福建阎主教命令，求教区内严禁礼仪，且摘各教堂仿制康熙帝赐给汤若望“敬”匾。此外，阎欧洲神支持。1700，经30次讨论，巴黎神院定礼仪异端。巴黎正耶稣展论战，教皇虽马支持巴黎神院判断，引重视。因各方压力太，1704，教皇克莱芒十世主持全讨论阎提非议，结果断决定禁止礼仪。教皇特使铎罗主教次抵达澳门，至此礼仪争越神讨论范围，甚至全文化冲突，转化罗马教皇皇帝代表教权力政治利益冲突。
三、 禁教政策
康熙始并排教，权威保全礼仪体。酝酿重计划将100历史主教收。办法让华宣教士效忠，脱离与罗马梵蒂冈联系。准备做华主教庇护者。凡愿继续华教士必须表明遵守礼仪，领印票才准传教。票写：“西洋某，若干，某，若干，永回复西洋，已经京朝觐陛见。此给票。”由内务府放，表示康熙视其臣。永回西洋，类似代义入籍。
康熙愿具结传教士采取非常严厉措施，令将驱逐澳门。清朝皇帝，康熙放、西兴趣。言，真诚喜欢主教传教士带术思，甚至经常主教教理挂嘴，写诗文，因此设法使冲突激化。皇帝问、思信仰嗜，必须服王朝体利益形象。祭、祀孔、法祖，关本、教化民传统，做让步。
克莱芒十世17153月再次布严厉禁令，禁令被称《》，因禁令句话“”。禁令求世界各礼仪争，应该按本规定彻底结束。内容，此禁令除重复1704严厉态度，增加项宣誓内容，求宣教士将访问，签署份誓言。誓言正本或被认副本，必须交宗教裁判，否则担任听告解、布或主持弥撒工。
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康熙读《》，批：“览此告示，西洋等，何言理。况西洋等，通汉书者。言议论，令笑者。今见臣告示，竟尚士、异端教相。似此乱言者，莫此。此必西洋传教，禁止，免。”
康熙，雍正、乾隆两朝主教采取严厉查禁政策，且直持续鸦片战争。主教宣教工此暂转入，未断。