【颍川黄巾军覆灭】
四月，朱儁波才军交战，敌，被逼抱团皇甫嵩退守长社，很快被波才率军围城，期，汝南黄巾军邵陵打败太守赵谦。北方，幽州刺史郭勋及太守刘卫被广阳黄巾击败杀死。
解长社围，朝廷派骑尉、沛曹操救援皇甫嵩朱儁。
波才率黄巾军将皇甫嵩围困长社县城，双方兵力极等，皇甫嵩兵远少黄巾军，城内包括少将领内感非常恐慌，皇铺嵩依镇定若。
城外黄巾军营寨设处荒草遍野，适逢狂风，皇甫嵩便让士兵全持束苇草城。另外命批勇士，偷偷越包围圈，放火烧草并高声呐喊。与此，城军士齐燃火，与呼应。皇甫嵩率军城擂鼓呐喊，直捣敌阵。
由处官府军呼声，使黄巾军惊，溃散奔逃。，恰曹操率兵赶。五月，皇甫嵩、曹操与朱儁师，再次战，败黄巾军，斩杀数万。灵帝封皇甫嵩乡侯。
皇甫嵩、朱儁乘胜进攻汝南郡陈黄巾军，阳翟追击黄巾将领波才，西华攻打黄巾军另将领彭脱，取胜利。黄巾军剩余部众或者投降，或者逃散，三郡叛乱被全部平定，豫州带黄巾军终被剿灭。皇甫嵩书报告战况，将功劳归朱儁。朝廷进封朱儁西乡侯，提升镇贼郎将。
东方取胜利，皇甫嵩奉命讨伐东郡黄巾军，朱儁则进攻南阳黄巾军。
【南阳黄巾军覆灭】
南方，南阳太守秦颉与张曼经百战斗，取阶段性胜利，斩杀张曼。黄巾军改赵弘帅，其方黄巾军投靠，势力再度扩，数升十万众，盘踞宛城，仍具相威胁。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉三军联合，共计万八千兵围攻赵弘，由兵力少，六月攻至八月，直未攻克宛城。
因此少求将朱儁调回。此司空张温书：“秦任白，燕任乐毅，经长艰苦奋战，才战胜敌。征讨颍川黄巾便已建立战功，挥师南，已经确定战计划；战争更换统帅，兵禁忌。应该再给间，让取功。”灵帝才罢。久，朱儁进攻，将赵弘斩杀。
虽斩杀黄巾军首领赵弘，黄巾军韩忠帅，朱儁让士兵敲军鼓进攻宛城西南角，黄巾军全赶赴该处抵御。朱儁却亲率精兵袭击宛城东北角，登城墙入，攻破外城。韩忠退守内城，惊慌失措，求投降。
诸位将领愿接受，朱儁却：“军，本形式相实质况，秦末高皇帝与项羽争霸候，民确定君主，因此奖赏归附者，鼓励归顺。今统，黄巾军造反，果接受投降，法鼓励守法百姓；严厉镇压，惩罚罪犯。果接受投降，进步助长叛军势头，利兵进攻，利则请求投降。放纵敌法，策。”
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朱儁拒绝黄巾军投降，再次连续猛攻，均未攻克。
虽朱儁声东击西机攻破外城，逼韩忠请降，官军打四月彻底攻陷宛城。
随登土山，观察黄巾军况，回头司马张超：“知原因。叛军被严密围住，内部形势危急，求降，突围路走，因死战。万，已势挡，更何况十万呢！撤除包围圈，集兵力攻城。韩忠见包围解除，势必求，城定各寻路，斗志全消。破敌办法。”
朱儁改变策略解包围，给黄巾军条“路”，韩忠果计战，朱儁破韩忠，韩忠投降，被怨秦颉杀死。韩忠投降被杀，宛城内黄巾军门宁死降，推孙夏帅。
朱儁猛攻，司马孙坚率领部首先登城墙，官军终攻宛城，孙夏逃走，朱儁追至西鄂县精山，再次击溃黄巾军，斩杀万余。
南阳黄巾军终被朱儁平定。
【冀州黄巾军覆灭】
张角领导冀州黄巾军毫疑问黄巾军主力。
黄巾军虽数量众，装备较弱、军纪齐，张角卢植率领东汉主力军并占风，数场战，张角损失万余，被迫撤广宗。汉军占风，卢植正整备军队、制造器材，准备攻广宗，惜由拒绝贿赂视察军宦官左丰，被左丰诬告战力，灵帝怒，罢免卢植，并将押送回京，判处比死罪轻等处分。随东郎将、陇西董卓替代卢植。
卢植被罢免，张角获喘息间，整理军队、强化训练，逸代劳，破董卓，董卓因此被处分撤职。此皇甫嵩与黄巾军苍亭战，俘虏黄巾军将领卜巳，灵帝诏皇甫嵩主率军征讨张角。
皇甫嵩率军赶，恰逢张角病死，张梁率领黄巾军骁勇善战，皇甫嵩未取胜。二，皇甫嵩关闭营门，让士兵休息，观察敌军变化。黄巾军绪逐渐松懈，便趁夜部署军队，清晨鸡鸣，疾驰冲向敌阵。交战至傍晚，黄巾军败，张梁被斩首，黄巾军三万被杀，约五万被逼落河淹死。
十月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典曲阳斩杀张宝，攻克曲阳，俘虏十万。
黄巾乱爆结束仅仅十月被平息。
张角三兄弟虽死，黄巾军并真正义结束，其余党众，黑山、白波、黄龙、左校、青牛角等数十势力。平五（188），黄巾余党再次叛乱，黄巾余部纷纷。黄巾义虽被平息，并标志结束，反幕始序幕已。此，朝廷放权力方，各拥兵重，群雄逐鹿，东汉王朝步步走向灭亡。