20世纪80代拜仁慕尼黑荡期，球队经历许员变化及财政问题。保罗·布莱特纳卡尔·海因茨·鲁梅尼格球队灵魂，带领球队1979-80赛季及1980-81赛季联赛捧冠军奖盘，拜仁期被称布莱特尼格队。
此两赛季拜仁仅仅获1982德杯，1983乌·拉特克再次执教球队，布莱特纳期宣布退役，1984拜仁再获德杯冠军，并且六五次夺各项赛锦标，包括1985-86赛季联赛德杯双冠王，10拜仁欧洲赛场并太优异表，19821987获欧洲冠军杯亚军。
1987尤普·海因克斯拜仁主教练，1988-89赛季及1989-90赛季两连冠，拜仁绩始滑，1990-91赛季屈居亚军，1991-92赛季拜仁仅仅排名十，领先降级区五分，1993-94赛季半段主席贝肯鲍尔亲马，接拜仁帅鞭，带领球队沉寂四重新捧德甲冠军奖盘。
此，继任乔瓦尼·特拉帕托尼奥托·雷哈格尔并像俱乐部期待，分别拜仁度碌碌赛季。由拜仁球员通常登八卦新闻版非体育新闻，拜仁被戏称绿茵莱坞。1995-96赛季接近结束，贝肯鲍尔代理教练暂掌管拜仁，球队随夺1995-96赛季欧洲联盟杯，决赛击败波尔。1996-97赛季特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧德甲冠军奖盘，接赛季，拜仁冠军争夺战输给雷哈格尔带领升级马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼再次离俱乐部。
1998-2004间拜仁由奥特马·希斯菲尔德执教，执教赛季，拜仁获德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军几乎，全场领先况被曼联伤停补阶段两粒进球击败，1999-00赛季拜仁获历史三联赛德杯赛双冠王。
2000-01赛季拜仁直联赛轮才确定取连续三德甲冠军，联赛轮，比赛进九十分钟却被汉堡足球俱乐部射谢尔盖·巴巴雷茨攻破球门，使冠军旁落利况，凭借帕特克·安德森补阶段刻禁区内间接任球逼平汉堡队，刻夺德甲冠军。久拜仁欧洲冠军杯决赛依靠点球击败瓦伦西亚足球俱乐部，隔二十五重新捧欧洲冠军杯，2001-02赛季初拜仁获丰田杯冠军，球队其它赛乏善陈。
2002-03赛季拜仁获球队历史四联赛德杯双冠王，领先二名二十六分绩创造德甲联赛历史，希斯菲尔德王朝2004终结，该拜仁表令失望，并且德杯赛负乙级球队亚琛足球俱乐部止步，菲利克斯·马加特接球队教鞭，并带领拜仁获两联赛德杯赛双冠王。
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2005-06赛季始初，拜仁主场由原奥林匹克体育场搬迁至新安联竞技场，新球场与城慕尼黑1860足球俱乐部共拥。拜仁2006-07赛季表并稳定，联赛表佳并且德杯赛再次输给亚琛，马加特冬歇期久离帅位。
20071月奥特马·希斯菲尔德重返球队，拜仁2006-07赛季终仅仅获四名绩，十首次缘欧冠比赛，并且其战线获。2007-08赛季赛季始，拜仁球队阵容进刀阔斧改造重建。球队共签八名球员并且售、解雇或者外借九名球员。其重引援佛罗伦萨引进卢卡·托尼、云达莱梅足球俱乐部引进米罗斯拉夫·克洛泽及马赛引进弗兰克·贝。新引援功奏效，再次获2008双冠王，并联赛始直占据榜首位置。
20081月11克林斯曼希斯菲尔德继任者身份与拜仁慕尼黑签约，20087月1主管球队。拜仁2008-09赛季迎糟糕局，六轮比赛胜两场，稳步改进，德杯四分决赛拜仁被勒沃库森击败；欧洲冠军杯，拜仁比分十二比击败斯本竞技足球俱乐部并创造欧冠淘汰赛悬殊比分记录，被巴塞罗五比淘汰局，4月27主场败给沙尔克04并滑落至联赛三，克林斯曼被迫课，取代老帅尤普·海因克斯，任期直赛季结束。
球队终获联赛二名，顺利晋级赛季欧洲冠军联赛，2009-10赛季拜仁聘请荷兰名帅范加尔，并皇马德引进荷兰飞侠罗本。2009-10赛季，拜仁虽局佳，半程期状态明显回升，终冬歇期获三。33周联赛，拜仁三比击败波鸿，提早周夺联赛冠军。赛季欧冠，拜仁组赛获二，并淘汰赛淘汰佛罗伦萨，曼联，昂并与际米兰师决赛，终零比二敌际米兰获亚军。
赛季拜仁德杯问鼎，焕新拜仁本赛季与三冠王檫肩。2011-2012赛季欧洲冠军联赛，拜仁慕尼黑主场迎战切尔西，鏖战百二十分钟比平局收场，进入残酷点球战，终比分四比五惜败，夺2011-2012赛季欧洲冠军联赛亚军。