1856春，临安汉族恶霸煽汉入南安州楚雄府城捕杀回民，“老弱鲜免者”，楚雄府汉族官绅残暴屠杀回民。临安汉族恶霸等广通（今禄丰县广通镇）、罗川（今禄丰县西南）、禄丰等逞凶，拟往省城昆明屠杀回民，回众卫。
新兴（今玉溪）回民首领马凌汉率回民千余，距昆明二十板桥，将临安汉恶霸打败。本正卫，却被官府指责“纠众谋逆”、“阴谋乱”。云南巡抚舒兴阿团练臣黄琮竟“饬各府厅州县聚团杀回”，署布政使清盛达昆明回民“格杀勿论”命令。
云南官府高层策划云南回民野蛮屠杀，终迫使回民百姓走武装叛乱路。6月姚州（今姚安）回民首先，7月即攻占州城，随各回民相继响应。
滇西，杜文秀蒙化（今巍山），蔡法春顺宁（今凤庆），杨荣、虎应龙鹤庆、丽江；滇南，马德新（字复初）新兴，马龙临安北曲江，马凌汉、杨振鹏昆阳（今晋宁），徐元吉澂江（今澄江）；滇东，马联升曲靖，马荣寻甸。回民武装叛乱烽火遍及云南全境。
与此，汉族彝、哈尼、白、壮等各民族底层百姓纷纷跟进。
哀牢山区李文领导彝族百姓武装叛乱队伍，始杜文秀领导回民义军并肩战斗。其义队伍或者单独战，或者与回民义军彼此支援，相互配合，则直接参加回民义列。
，虽各民族仇杀件少区仍程度存，杜文秀代表各族底层百姓，通斗争实践逐步认识官府主武装团练才回汉仇杀真正罪魁祸首，各族百姓共敌，摒弃民族相仇偏见，走共反朝廷武装斗争路。
……
回民主体云南各族百姓武装叛乱，极震朝廷。
咸丰帝闻讯勃怒，立即令正贵州镇压苗民义云贵督恒春折回云南，“痛加剿洗”。太平义，朝廷断征调各省清兵赴江南镇压太平军，云南防军“半经外调”，剩清军敷派遣，顾此失彼。回民叛乱武装正趁此利机，迅速展力量展与方清军斗争。
滇东、滇南各族百姓揭杆初，组织比较分散统号令及明确目标。曲靖、临安、东川（治今泽）、化（治今文山）等府广西州（治今泸西）许股义军武装，各战先击败“围剿”清军主团练武装，进主进攻，围攻清军盘踞城市。
滇东回民武装义军轻松控制平彝（今富源）至嵩明间，徐元吉部回民军则占据接近省城昆明澂江府城。随战争延续展，各义军力量断壮，并逐渐互相支援展联合。
1857夏，马龙、马德新、徐元吉等率领滇东、滇南回民义军两万，经晋宁（今昆明市晋城）、呈贡向昆明进。昆明城清军很少，团练因督率纷纷溃散。
云贵督、云南巡抚团练臣等束策，紧闭四门等待援军。7月12回民义军占据距城仅五江右馆营，分据树营、王桥、堡基、马街、碧鸡关、红庙、西坝等村寨，随即省城围攻。
清军被打措及，城内粮源断绝战守兵，云贵督恒春计施缢死；巡抚舒兴阿“引疾乞假”，藏匿。
其，朝廷正忙镇压太平义，力顾及云南，调四川督吴振棫云贵督，带川兵二千名赴任。
吴振棫慑回民义军声威，奏请朝廷将“主剿”回民团练臣黃琮、窦垿革职，麻痹回民反抗志，召请外省任职云南籍回族官员回滇，拉拢收买回民义军首领。
滇东、滇南义军主领导马德新马龙回族层物（马德新云南回民掌教，马龙则身官宦清朝武），公声明，兵“止欲报仇，敢逆”，局惩办“倡首灭回者，服众，即解散”。
由根本触满清云南统治决，因此云贵督衙门利诱1858春与官方订约，承诺“永滋”，并将围攻省城回民义军撤离散归各，滇东、滇南义军次围攻省城遂告结束。
滇南、滇东回民义军由马德新、马龙等妥协遭受挫折候，滇西回民义军却首领杜文秀领导，断展壮。
杜文秀（1828—1872）字云焕，号百香，云南永昌府保山县金鸡村，回族。
1845（光二十五），永昌府汉族主团练组织“香”，官府支持纵容，肆残杀回民。杜文秀属被杀，未婚妻被掳，1847京控诉，冤仇终伸。
失望余，逐渐认清朝廷真实目，激反抗朝廷方官府压迫法。回云南，便云州（今云县）、蒙化等暗组织回民，酝酿规模武装义。
18568月，杜文秀乘云南提督文祥率兵离理赴楚雄利机，蒙化率众武装义。
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9月7杜万荣、蓝金喜理府城揭杆义，杜文秀闻讯，立即率回民主义军往理，与回民合败清军，毙迤西林廷禧、太（今理）知县毛玉等。9月16理知府唐惇培败逃宾川（今宾川南），回民义军胜利占领理城。
夺据理胜利，使部分义军首领昏昏，组织力量防御清军进攻，却恃功争权夺利。义军首领抱传统民族偏见，任令部众抢掠汉，引理群众十分满。
，杜文秀挺身，组织指挥部众击退鹤丽镇千张正泰理进攻，并且明确提：“欲做，必须收拾，宜专尚威力。且汉众回寡，尤须重汉。”
杜文秀正确候提正确主张，义军赞。由“精力强壮，忠直廉洁，素众敬仰”，遂被推举统兵马元帅。
10月23，滇西回民义军齐集理校军场筑坛拜帅。杜文秀原提督署元帅府，组织理武装义政权。授蔡法春扬威督，各路军，其文武官员各职称。宣布“遥奉太平南京召号，反满清统治”，并通令“改正朔，蓄全，易衣冠”，示推翻满请朝廷决。
巩固新政权，杜文秀领导理政权制定各法律法令，实系列利展反清业方针政策。
，各族百姓视仁，平等待，改善民族关系。义初，杜文秀提“重汉”正确主张，理政权建立，即实“分汉回，体保护”方针，其民族百姓，采取政策。
杜文秀制定《管理军政条例》规定：“族分三教，各根本，各其。既营干，均宜视仁，准互相凌虐。”
“分汉回夷，公平处”民族政策，改善理政权控制区各民族间关系，拥护欢迎。
二，减轻百姓负担，努力展产。理政权规定废除丁银（口税）其它苛捐杂税，田赋征粮米；“方税课，旧例者，方准抽收。私加名目，妄征收”，减轻百姓负担。
，力展产。农业方，放耕牛、农具，招民垦荒，奖励农耕。工商业，采取保护促进政策，严禁文武官员“官压市，轻价估买”，积极展纺织、采矿、制盐等工业产。
随产展，百姓活定程度改善，且使义军充足军饷，保证反清斗争继续进。
三，制定军制度，严格组织纪律。义初期凡属回民青壮兵。理政权建立，规定回族三丁抽，五丁抽二；汉族其民族，则分派定数额，由其各兵。
切军机宜，须集体商酌，由元帅裁决。遇军，派统带官元帅代表统率部队，带兵官论何职，服统带官指挥。义军严格军纪赏罚制度，鼓励将士服命令，英勇战。
杜文秀特别强调群众纪律，规定义军“故乡，滋扰良民”，或“故纵放牲畜，践踏田禾”，严禁“毁拆庙宇，扰害民房”，准“强买估卖”等等。规定军纪，保证义军兵源，统帅府军指挥，取百姓信任支持，提高义军战斗力。