刘重元正式始办理公务，虽兵部，方尤其军镇十分解，打熊文灿移交兵马花名册，眉头紧皱。花名册内列理节制官兵丁健共万零八百二十二名，马骡七千三百七十五匹头。其左良玉部五千、陈洪范部二千、云南副将龙田部千，直属理麾直属标兵二千八百余，马百四十余匹。纸编制数字，像左良玉部，刘重元知肯定止五千，至少两万余，果加归其指挥投降流寇曹威、马进才、汝虎等部，估计五六万。
其投降各部流寇则高达数万，其张献忠部，兵丁万，屯田耕万八千；顺义王万，其刘、刘士杰部五千。
刘重元头顶直冒冷汗，招降流寇数量远远官军数量，尾掉，虽遭流寇反噬。
目归刘重元节制军队河南巡抚常立部五千；湖广巡抚方孔诏部五千；郧阳抚治王鳌永部六千；偏沅巡抚陈睿谟部四千；湖广兵钱选部五千，专护承祖陵；四川巡抚傅宗龙部五千，四川兵罗尚文部五千；山东巡抚颜继祖三千，山东兵倪宠部四千。军队按照诏令负责剿灭各省内流寇，各守各省边境防止流寇窜入。因此刘重元战略指挥，实际管理。
算，刘重元麾需领取军饷明军合计五万余，月需饷银十万两。关键纸需饷银，各兵麾超兵力且它，单投降流寇十万左右，朝廷拨分钱饷银，接受流寇投降整编明军却拨饷银，首先理，皇帝差饿兵呢！
利害角度状态持续，目朝廷军侧其投降尚短，旦朝廷军北抗击东虏，长仍饷银，投降流寇缺衣少食定再次乱。
明朝欠饷已经常规操，正统间始，边军欠饷已经常态，欠饷数月数月、乃至几比比皆，引闹饷、哗变、溃散乃至叛军件。
崇祯元，直东虏辽东关宁军欠饷四月兵变，兵变士兵冲进巡抚衙门，辽东巡抚毕肃、兵朱梅劫持宁远城制高点谯楼，亮刀剑，逼毕肃等饷。毕肃户部尚书毕严弟弟，其麾关宁军欠饷。索性东虏进攻，袁崇焕及赶补军饷，平息兵变。
崇祯二三月，蓟州爆兵变，蓟州镇官兵本已经欠饷八月，顺巡抚王应豸响应皇帝裁减军费主张，逼迫官兵捐献军饷，激规模兵变，王巡抚边筹集军饷分，边调集军队镇压，死伤惨重才平息兵变。十月，东虏蓟州边墙突破进入京畿，酿乙巳变。
崇祯四，孔德率领三千东江辽军平本欠饷，被朝廷征辽东救援凌河，至吴桥，因士卒冻饿交加投士绅鸡被处军法，引兵变，辽军返师进攻登莱，挟裹孙元化西法练火器部队乱，乱军席卷整山东，朝廷被迫各抽调援军平叛，接反节节败退，奈辽东抽调精锐关宁军入关平叛，直持续崇祯六叛乱才告平息，乱军被完全消灭，孔德、耿仲明率军海北辽东投降东虏，被封王。此东虏比明更精锐火器部队。
仅仅崇祯间几欠饷引兵变，其规模更数胜数，连流寇蜂肆虐，其边军欠饷很部分原因。农民军，真农民吗？农民懂怎攻城略？农民懂军打仗？，流寇虽部分挟裹农民，核武力仍欠饷兵变边军。张献忠、李等领袖全边军身。
哎，仍记吃记打，欠饷，真知明朝收税哪儿？
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奈，刘重元写奏疏，讲明原官军欠饷况，及近十万投降流寇分饷银危险，旦因闹饷再次叛乱则功尽弃矣。
刘重元建议，保障正规官军饷银基础，按比例拨付部分饷银给投降流寇，拨付原则朝廷越恭谨拨付比例越高，例刘、刘士杰部，朝廷命其解散老弱归田务农其立即裁军剩数千，朝廷令其率军进攻其流寇其拼命战，明刘李万庆已经幡悔悟改新，朝廷应加鼓励诚接纳其流寇榜，方加官进爵，方其供应粮草，比例逐渐身高直至完全按照官军标准。
像张献忠投降仍怀异志，拥兵数万既裁撤接受朝廷诏令，拨付军饷，仅拨付军饷，办法阻止其获军饷，软刀逼迫其裁军。
刘重元请求朝廷，若果艰难筹饷困难，请求朝廷允许办法筹集军饷。具体办法：”汉水、长江等商路设卡收取商税；组织流民屯田、荒、矿、做工赚钱；卖空置官营田亩、矿山等产业租赁权等等等等。虽赚取，算聊胜；虽祖宗法等合，军紧，且权，待海内太平定废除。
刘重元陈军方尚认识，记、经济知，保障粮饷勤源源绝，延误剿贼计，提议设立巡抚山东、江北、河南、湖广四川五省粮饷职，专司负责剿贼军粮饷、军械补给，并保举翰林院侍读蒋德璟任长史，称赞蒋德璟识渊博、实任，才干百倍，督理粮饷，定保剿匪军足食足饷。
奏折，刘重元指历朝历代征军、封疆吏佐贰官负责粮饷勤，秦汉将军长史，唐宋转运使负责。专职官员负责，专致志剿匪。
梳理完兵马钱粮宜，刘重元才始接见主军政属，首先便湖广巡抚方孔炤。方孔炤万历四十四二甲进士，比刘重元算科场老辈。此刻虽属位，端坐侧丝毫居位觐见官模，刘重元晚辈姿态谈。且方孔炤崇祯六其担任湖广巡抚，至今已五，快速更替崇祯官场算异数。
随股流寇逐渐平定，活跃流寇主罗汝才、惠登相等九营内乡、浙川带与官军周旋，其众虽五六万，已暮途穷，近正频频联络左良玉、熊文灿乃至襄阳宋鹤投降，条件谈拢。此星、射塌等六部流寇商谈投降。两部投降目由监军张经具体详谈。熊文灿交接候特嘱咐刘重元谨慎，万万约束各部官军，逼反准备投降流寇。
仍负隅顽抗流寇除西北与洪督鏖战闯将李部外，剩盘踞东太湖、潜山带革左五营，马守应、革眼、左金王、刘希尧蘭养五部，约四五万，其利湖广南直隶间别山与官军周旋，势力虽却已坐寇，并被朝廷方员重视，随其股流寇或剿或降，员注力即将转移，批官军及投降流寇逐渐调往东部准备剿灭革左五营。
原本方孔炤重准备转东部，率部围剿革左五营，接东虏即将入寇原剿匪军即将北勤王消息，顿忧忡忡。希望刘重元与其联名书，恳请朝廷留部分主力，镇压尚稳定局势。
刘重元详细向方孔炤介绍及杨嗣昌商量，关原剿匪军北勤王原局势。听闻准备将投降流寇挟裹北，方孔炤先连呼妙，稍稍思索片刻摇头：“此计妙妙，实恐怕很困难！”
刘重元连忙：请老辈赐教。
方孔炤边思索边端茶杯喝口水，慢慢：“今投降流寇，像刘部，诚归附朝廷，朝廷诏令，再晓义，够服诏令北勤王。则像张献忠、曹威、马进才流，贼性难改，迫朝廷军压力投降，既接受朝廷诏令裁撤军，哪投降，明明获取喘息机。”
，方孔炤恨恨拍桌，愤恨溢言表。凡流寇解，清楚张献忠投降假投降。张献忠谷城训卒治甲杖，放兵、应调、入见制府，骄奉法，屡屡向朝廷索军饷索高官厚禄。谷城知县阮钿度张献忠必反，屡屡书告知熊文灿朝廷，左良玉向朝廷书张献忠伪降，方孔炤更八次书朝廷言张献忠必反，连京城杨嗣昌刘重元数次向皇帝进谏剿灭张献忠。奈何皇帝沉溺张献忠投降流寇祸即将平息虚幻肯拔，坚持接受张献忠投降。方孔炤骂皇帝，骂撺掇张献忠投降熊文灿。
刘重元笑笑跟附几句，赞方孔炤明见万。啊，聊共爱，骂讨厌，迅速聊块儿，聊聊朋友。
骂儿，方孔炤才言归正传，类似张献忠狡贼，驱虎吞狼、借刀杀策此明显，定眼穿，肯定听令率军北打狼似虎东虏，稍稍逼迫肯定反，反反，果原剿匪官军主力北勤王候反，原被荼毒。
且旦张献忠造反，朝御史言官定弹章叠至，刘重元始俑者恐怕场啊！
早胸竹刘重元考虑切，即问：“老辈连八章反招安张献忠，言其将必反。八奏疏晚辈拜读，深感触啊！老辈番认识虚言惑君吧？”
“，张献忠伪降，司马昭路皆知，恐怕连熊文灿明白，怎迫及待扔幅烂摊给呢？”
刘重元哈哈笑，丝毫烂摊急，熊文灿转颊两句，刘重元珍重：“老辈抚楚，明流寇熟悉封疆，老辈张献忠必反，张献忠肯定反，间早晚已，晚辈毫怀疑。晚辈，既迟早反，何妨迫其利候反呢？”
“哦？”方孔炤眼睛亮，悄声问：“计将安？”
与方孔炤商谈午，刘重元连续接见左良玉、刘等将领，晓忠义、劝利害，鼓励勤王、操练士卒、再接再厉利再战。